1915应江谦之聘，先后任南京高等师范学校教务长、代校长，1919年正式出任校长，1921年南京高师改建国立东南大学（1928年更名中央大学，1949年更名南京大学），仍任校长，1925年离职。担任校长期间，郭秉文以民主与科学精神治校，其办学方针为：（1）通才与专才平衡，正科重通才教育，专修科重专才教育，两者互相调剂，相辅相成。（2）人文与科学平衡。（3）学术与事功平衡。加强文理科学术研究，促进科学进步；注重工农商科专业教育，推动经济发展。（4）师资与设备平衡。在大量罗致名师的同时，不断增添设备，兴建科学馆、气象台等，逐步改善办学条件。（5）国内与国际平衡，在国内各大学多方搜罗人才，“寓师资于大学”；在国外广求智识于世界，邀请学者杜威、罗素等来校讲学。 在办学措施上，提出“严格甄审，宁缺毋滥”的招生原则，入学考试兼采心理测验。强调师范生必须出类拔萃，除应具有普通大学生的基本素质外，还须具备两种修养，即教材教法的精研与器识抱负的培养。重视品德教育，注意培养学生自觉、自治的良好风尚。主张男女平等，与北大同时招收女生，提倡学术自由，鼓励实验研究，发扬科学精神，将南高、东大办成全国著名高等学府。

1923年起连续三届当选世界教育会副主席兼亚洲分会主席。1925年赴美国担任芝加哥大学哈里斯基金学院讲座，任中华教育促进会会长。1926年5月，与门罗（Paul Monroe）在纽约创立“华美协进社”（China Institute in America），任首任社长，对中华文化交流有重大贡献。1931年受孔祥熙之邀再次回国出任国际贸易局局长，并加入银行金融界，贡献甚多。抗战爆发后，以财政部次长兼中英贸易协会主任身份赴英国争取友邦助力。

1945年抗战胜利，任联合国善后救济总署副署长兼秘书长。1957年与恒慕义（Arthur Hummel）及曹文彦、鲍幼玉等人以私人力量在美组织华府中美文化协会（Sino-American Cultural Society），举办学术活动，从事中美文化交流活动，并应邀担任“中华民国在美教育文化事业顾问委员会”主任委员。

1969年8月29日在美国逝世。

1908年，已经工作12年、年近30的郭秉文毅然弃职就学，远涉重洋，赴美留学。他先是在俄亥俄州的乌斯特学院攻读理科，1911年，郭秉文从乌斯特学院毕业后随即去哥伦比亚大学攻读教育学。

郭秉文就读的哥伦比亚大学教育研究生院是美国最著名的教育学院，成立于1887年。当时，实验主义教育大师杜威、著名教育家孟禄等一批名流学者在该学院任教。哥伦比亚大学在管理上别具特色，有一套较系统体现民主精神的管理规范。这些都在郭秉文日后执掌国立东南大学的过程中留下了深深的印痕。在郭秉文之后，胡适、陶行知、蒋梦麟等也先后到该院学习，他们日后都成为中国教育界的领军人。

1914年，当郭秉文还在哥伦比亚大学准备博士论文时，当时国内正筹议设立南京高等师范学院，学校名义上虽是国立，但交由江苏省教育当局负责筹备。由于他是专习教育的，且为江苏（江苏江浦）人，省方便邀请回国任教，于是派他在回国前到欧洲各国去考察教育，并且收到正在筹备之中的南京高等师范学校江谦校长的聘书，邀请他做教务主任。

南京高等师范学校的前身是创建于1903年的三江师范学堂，1905年，为与两江总督辖地相应，三江师范学堂更名为两江师范学堂，并被定为优级师范学堂。1911——1913年，南京城历经两次战火，学堂基本处于停办状态。适逢全国临时教育会议召开，提出在南京建立大学和高等师范学校，饱受战争蹂躏的两江师范学堂才得以绝处逢生。

1914年8月，江谦受命筹备南京高等师范学校，第一着棋就是函聘即将拿到博士学位的郭秉文为教务主任，并请他代为南高延揽师资。

郭秉文一拿到学位，旋即回国，协助江谦筹备南高，他要将他所学到的教育理论应用于实践。1915年8月11日，南京高等师范学校正式招生。

江谦为耆德硕儒，国学根基深厚，而郭秉文通晓中西，时称“新学巨子”，两人相得益彰。1918年3月21日，江谦因病休养，由郭秉文代理校长。1919年9月1日，教育部正式委任郭秉文为校长。

其时正值“五四”运动，在时代潮流推动下，郭秉文着手对南高进行了一系列改革，这其中最有意义的改革是开“女禁”，倡男女同校。

“五四”之前中国的高等学校，除个别私立大学(包括教会大学)外，大都仅招男生而不招女生。教育史上称此现象为“女禁”。1920年4月7日，南高决定自1920年暑期正式招收女生。考虑到这一举措可能遇到的阻力，为造声势，郭秉文与蔡元培、蒋梦麟和胡适等人商定，南北一致行动，共同开放“女禁”。

兼收女生的消息传出，朝野哗然，流言蜚语不堪入耳，甚至思想比较开明的张謇和南高老校长江谦也明确表示反对。后经郭秉文、陶行知等人多方解释，招收女生的入学考试终于如期进行。当时有一位叫张佩英的女生，在陈独秀、张国焘等人鼓动下，专程从上海赶来南京投考。据她回忆，她曾在北大和南高之间多次权衡，终嫌“北大官僚气太浓”而选择了“学风深厚”的南高。高等教育中“女禁”的打破推进了教育的民主化，揭开了中国高等教育史上新的一页。

1920年4月7日，郭秉文在校务会议上提出“建立南京大学”的建议，获得一致赞成。随后成立筹备委员会，经郭秉文奔走，9月25日，张謇、蔡元培、郭秉文等十位发起人联名上书致北洋政府教育部，在南高师基础上创立国立东南大学：“拟就南京高等师范学校校址及南洋劝业会旧址，建设南京大学，以宏造就”。12月7日北洋政府国务会议通过南高筹建大学的议案，并定名为“国立东南大学”，12月16日成立筹备处。

经过几年发展，国立东南大学声誉鹊起。从学科结构来看，覆盖面之宽，居全国之首(北京大学只设文理科和法科，中山大学设文理、法、农3科)。无论从师资条件还是办学设施看，国立东南大学在国内大学中都堪称一流。美国著名教育家、世界教育会亚洲部主任孟禄博士考察了中国各主要大学之后，称赞“国立东南大学为中国政府设立的第一所有希望的现代高等学府”。在当时政局动乱，政府办学经费严重短绌，许多学校因经费困窘以致学潮迭起的环境中，这不能不说是一个奇迹。

国立东南大学的创建是郭秉文办学生涯中最辉煌的一页，正是由于他在国立东南大学的创立和发展过程中所发挥的无可替代的巨大作用，郭秉文被人们誉为“东南大学之父”。他主持的国立东南大学被教育界称为“中国第一所现代国立高等大学”，国立东大1927年更名国立第四中山大学，后历经国立江苏大学（1927）、国立中央大学（1928-1949）和国立南京大学（1949）时期，于1950年定名南京大学。

清末以来，中国大学的办学模式主要模仿日本，而日本又是学欧洲。民国建立，这种状况并没有太大的改变，不过从转手日本变成了直接向欧洲学习。而对美国大学模式的引入则自东南大学始，郭秉文在其中厥功甚伟。郭秉文从一开始就努力移植美国大学模式，南高——东大的选科制、评议会、董事会，处处可见美国大学模式的痕迹。和北大的欧洲大学模式相比，东南大学的美国模式有几个显著的特点：在学校行政管理上，设置董事会；在大学职能的定位上，面向社会，服务社会。

东南大学筹建之时，他借鉴美国哈佛大学卫谛氏图书馆和哥伦比亚大学科学图书馆的经验，规定，若有人独资捐建，图书馆就以其别号命名；若有集资建图书馆，就将其芳名刻于铜牌，悬挂在馆内正厅。

当时郭秉文得知原江苏督军李纯自杀前曾立遗嘱，将遗产的一部分捐给南开大学建造校舍，于是，便亲自写信给继任江苏督军齐燮元，劝说他独资捐建东大图书馆，将好事办在生前。齐燮元心动，以其父的名义捐助15万元修建孟芳图书馆。后又陆续募集到现款17000余元，图书2612种，从而使“东大”的学习条件大为改善。

所谓服务社会，就是将大学活动扩展到校园之外，让大学走出象牙塔，使大学成了社会进步与社区发展的“服务站”。也就是说，大学除了承担传授和发展高深学问的基本职能外，还有社会服务的职能，这已经成为美国大学模式的鲜明特征。郭秉文在其办学实践中积极倡导这一精神，并做出了很大的成绩。

早在1920年的南高时期，郭秉文就在全国率先开办了暑期学校，郭秉文不仅亲自上阵授课，而且还请来了北大的胡适、陈衡哲和南开的梅光迪。当时在全国引起了很大的反响，报名参加学习的有1000多人，来自全国17个省份。年龄最大的59岁，最小的16岁。后来的词学名家夏承焘那年就参加了南高的暑期学校，多年后他在回忆中还在感叹：真是大开眼界！1921年，改为东大后，继续举办暑期学校，并特地邀请了美国的杜威、孟禄、推士，德国的杜里舒和国内的梁启超、胡适、张君劢等一批名家前来讲学。这次，学生人数达到2000人。

除了暑期学校外，东大教育科还举办了许多其他“推广事业”，如推广平民教育，义务举办“昆明学校”、“明陵小学”，为乡村失学儿童进行义务教育等；农科则通过组织农村巡回演讲团、农业展览会，普及农业科学知识、技术，推广优良品种、农具，宣传防治作物病虫害方法、药剂等；商科则通过坚持办商科夜校、商业补习学校、暑假补习学校等形式，为各界有志求学的青年提供业余学习提高的机会。

近代以来，随着科举的废除和学堂的建立，中小学教师均由专门的师范院校培养。1922年《壬戌学制》颁布后，大学设置标准发生很大变化，允许设置单科大学，一时间高等师范学校是升格为独立的师范大学还是并入综合性大学，成为教育界争论的焦点。

对于这个问题，郭秉文和蔡元培的看法有所不同。蔡元培认为“学”与“术”应有所区别，“学”是学理，“术”是应用。高等学校应正确定位，合理分工，农、工、医偏于应用，宜称“高等专门学校”，文理等科偏于研究，始可称“大学”。因此，在他当北大校长期间，曾将北洋大学的法科归并入北大，而将北大的工科调入北洋大学，并停办农科。

郭秉文却不太赞同这种“学”与“术”分离的做法。郭秉文留学美国多年，他就读的哥伦比亚大学就是综合大学办师范教育的成功典范，因而对美国师范教育模式倍加推崇。郭秉文力主高等师范学校应并入综合大学，使综合大学兼有培养师资的功能。他认为，要培养上乘的教师，必须“寓师范于大学”。因为中学以上的教师必须有宽厚的基础知识，必须是双料的学士、硕士和博士。在一个学科单一的师范院校里，很难从根本上提高教师的质量。而在一个学科门类齐全的综合大学里，能够很好地协调通才与专才的关系，使通才不致空疏，专才不致狭隘。综合大学的优秀人才，经过一定的教师训练，一定会成为优秀的教师。因此师资培养不应局限于师范院校。

事实上，“南高”和“东大”就是郭秉文这一思想的试验场。在“南高”时期，郭秉文就以哥伦比亚大学为楷模，力图将南高改建为一所多学科、综合性的大学。为此，“南高”自建立之初即致力于拓展科系。1915年只有国文、理化两部和国文专修科，到1920年，已有国文、体育、工艺、英文、商业、农业、教育七个专修科和国文、英文、哲学、历史、数学、物理、化学、地学八系，突破了师范界线，寓师范教育、基础教育于一体，已具备综合性大学的雏形。当时有人评价说：“南高诸所擘画，颇异部章，而专科增设之多，尤为各高师所未见。”

到这年4月，郭秉文又趁热打铁，在校务会议上提出“建立南京大学”的建议，联名致书教育部，“拟就南京高等师范学校校址及 南洋劝业会旧址，建设 南京大学，以宏造就”，同年11月，教育部初步同意以南高师之教育、农、工、商4专修科改归大学，各本科仍由南高师继续办理。因此，到1921年9月东南大学正式成立时，“南高”、“东大”其实是双轨制运行，郭秉文同时兼两校校长。这时的郭秉文又开始积极推动两校的合并，决定“南高”自1921年起不再招生，俟其学生全部毕业后即并入东大。1923年6月，“南高”正式并入东大。这时的东大已具相当规模，在其全盛时期，全校共设5科31系，全校共有教职员290余人(1924年)，学生1483人(1925年)。当时执教于东南大学的茅以升曾评价说：“东大寓文理、农、工、商、教育于一体，此种组合为国内所仅见，意义深远。”郭秉文“寓师范于大学”的理念终于变为了现实。

20世纪60年代，张其昀因事赴美，在华盛顿谒见了当时寓居美国的郭秉文，在畅谈之中，郭秉文提到，《大学》“修身齐家治国平天下”中的“平”字是治学治事最好的座右铭，并将他当年在东大的办学方针归结为一个“平”字：通才与专才的平衡、人文与科学的平衡、师资与设备的平衡、国内与国际的平衡。这其中，通才与专才的平衡、人文与科学的平衡对于今天的中国教育尤其具有启发意义。前者在“寓师范于大学中”其实已有所体现，现在我们再看看人文与科学的平衡。在文章的一开头我们曾引用了北大教授梁和钧的一句赞语：“北大”以“文史哲著称”，“南高”则“以科学名世”，其实，在这句话后面，梁教授还有一句话：“然南高文史哲教授实不亚于北大”。何出此言？

“南高”以科学名世最典型的表现大概要算中国科学社的整体进驻。中国科学社与南高是同年出生的，它比南高还早两月，1914年6月在美国成立。当时，以任鸿隽、杨杏佛、赵元任为首的一批中国留美学生看到“欧美各国的强大，都是应用科学发明的结果”，遂成立了以共图中国科学之发达为宗旨的中国科学社。南高成立时，中国科学社的骨干成员尚在美国留学，由于郭秉文在留美期间交游广泛，还曾担任过留美中国留学生联合会会长，因此，在他的号召之下，这些人陆续学成回国时，不少人应其之邀到南高任教。1918年，中国科学社迁回国内，总部就设在南京。其主要成员相继应聘到南高，南高——东大遂成为科学社骨干成员的云集之所。1920年南高改组东大时，文科的梅光迪、陈钟凡、汤用彤、陈衡哲、陆志伟，理科的任鸿隽、竺可桢、张子高，农科的邹秉文、胡先，工科的茅以升，商科的杨杏佛，教育科的陶行知、陈鹤琴，都是中国科学社的成员。

由于南高——东大和中国科学社的联系如此紧密，以至于南高——东大被时人称为“中国科学社的大本营”，这种联系也形成了南高——东大“注重科学”的特色，使之迅速成为“中国科学发展的一个主要基地”。

“然南高文史哲教授实不亚于北大”又作何解呢？其实，我们已经看到，梅光迪、陈钟凡、汤用彤、陈衡哲这些人已经是文史哲领域一等一的高手了。但是，这还不足以说明问题，最能说明问题的是《学衡》杂志的创办和学衡派的形成。

五四时期，挟“民主与科学”的大旗，“打倒孔家店”成为流行一时的时尚，有人提出所有的中国书都不要读，线装书应该扔到茅厕里去。夹杂在这时代的最强音中，国立东南大学里却发出了一点“不和谐”的声音。

1922年1月，《学衡》创刊号由中华书局出版。在创刊号的“弁言”中，柳诒徵申明该刊宗旨：“以中正之眼，行批评之职事”，以“无偏无党、不激不随”的态度“论究学术，阐求真理，昌明国粹，融化新知”。《学衡》从1922年创刊到1933年停刊，前后坚持了11年之久，共出79期。因出版《学衡》而形成的“学衡派”最初都是东南大学的教授，如发起者梅光迪、胡先，主编吴宓。

梅光迪在自述其创办《学衡》时曾言：《学衡》旨在“阐扬旧学、灌输新知”，其手段则是“对于一切流行偏激之主张，时施针砭”。以往人们在评价“学衡派”时,常常简单地将他们划入保守的阵营，随着研究的深入，今人越来越能客观地评价当年“学衡派”与新文化运动倡导者之间的争论，越来越能体认“学衡派”在“四面楚歌”中独树一帜的学术风骨。

其实，如何评价“学衡派”并不是我们这里所关心的问题，我们感兴趣的是，以“昌明国粹”为宗旨的“学衡派”和以发展科学为职志的中国科学社，它们的大本营竟同在国立东南大学，而且在人员上还有交叉，如“学衡派”中的主将梅光迪、胡先、汤用彤均是科学社的成员，吴宓也是哈佛的博士。这种格局充分体现了郭秉文所倡导的人文与科学平衡的精神。难怪张其昀要感叹：南高最可自负的一点就是“留学生与国学大师的合作，文科方面有几位大师对中国文化有透彻的研究与超越的见解，同时他们也注意于科学的方法，故思虑周密，其探究事理常常有批评的精神”。

1925年1月7日早晨，正在上海出差的郭秉文准备由沪返宁，登车前他习惯性地买了一份报纸，没想到，上面赫然登着头一天教育部1925年第一号训令，训令的内容是免除郭秉文东南大学校长职务。

郭秉文的突然被免职，其直接原因在于政局的剧变。当时的中国军阀割据，派系林立，相互之间你争我夺，互相倾轧。东南大学所处的江苏省一直在直系军阀的控制之下。1924年12月22日，北京政府下令讨伐直系的江苏督军齐燮元，齐被迫下野，避居上海。

齐的被讨给郭秉文带来了厄运。本来郭秉文是一个历来主张教育独立，不愿过问政治的人。但你不愿过问政治，并不等于政治也不过问你。作为国立的东南大学，预算经费的2/3是由江苏省承担的，郭秉文不能不与齐燮元搞好关系，而齐燮元也确实给过郭秉文以支持。这样，郭与齐的交往在党争的有色眼镜中就变成了对直系军阀的依附，段祺瑞的北京政府正欲清除异己，遂于1月6日的国务会议上匆匆通过了免除郭秉文国立东南大学校长的决议。当天，教育部便下发了第一号训令，并于次日在报上公布。如此急不可耐地免除一位大学校长之职，在当时的民国还没有先例。

郭秉文看到这一消息，遂取消返宁计划，给教育部和东大各拍了一封电报，没有说什么抱怨的话，只叮嘱校方维持学校的正常运转，并希望教育部速让新校长胡敦复到任，以免“学校停顿，学子失学”。

但东南大学这边却已是群情哗然。东大学生自治会当即发表全体学生宣言，对免郭表示强烈反对；东大部分教师也以全体教职员名义致电教育部；东大行政委员会则立即致电黄炎培、蒋梦麟诸校董，要他们出面维持。

社会上的许多知名人士也对免郭持反对意见。曾任苏州省立第一师范学校校长的王朝阳在致电教育界时慷慨陈词：“东大郭校长，无端免职，实骇听闻。从此学界亦将卷入政党倾轧潮流。”“敢告全国，共抒正论，为学界留一线人格，为教育界延一缕生机。”当时已辞去东南大学教职的陶行知更点明：这是国民党“实行党化教育之先声”。

在强大的舆论压力下，教育部钦点的新校长胡敦复一再表示不就东大之职。

2月1日，东大校董会再次举行会议，决议否认教育部易长之令，请郭秉文照旧任职，先请赴国外考察教育。由东大校董会和商大委员会组成临时委员会，协助两校行政委员会维持校务。23日，郭秉文以受校董会委托名义，赴美考察教育。

但郭秉文的怆然离去并未让风波稍事平息。3月9日，本来声称不来就职的胡敦复突然来到东大，径至校长室，令文牍员交出学校印章。正在上课的学生闻讯赶来，愤怒之下，有的同学对胡拳脚相加。3月11日，教育部训令取消东大校董会，19日，东大教授召开紧急校务会议，致电执政府，退回教育部训令.

4月18日，北京政府仍决定由胡敦复简任校长，东大风潮再起。胡则要求江苏省政府派卫队保护，进驻东大，但遭到拒绝。东大学生闻讯则紧闭校门。5月5日，陈逸凡等48名教授声明，坚决拒胡。胡敦复进不了校园，只好打口水战，数次在报端发布公告，表示要接管东大；东大校务委员会则针锋相对，也刊登广告，否认胡为东大校长。

如此这般，易长风波断断续续一直持续了差不多一年才逐渐平息，尽管郭秉文最终没有回到东大，但胡敦复也未能进入东大。1926年1月7日，东大师生为此举行校耻周年纪念大会，在会上，陈逸凡教授慷慨陈词：“东大人不受武人政客利用，东大人不做武人政客傀儡，此足可引为自豪者”

自1925年1月郭秉文被段祺瑞临时执政教育部免去校长职务后，东大校长频频更迭,但均未正式履职，直至1926年校长一职实际上仍是空缺。此后的国立东南大学进入动荡时期，在易长风潮中，东南大学失去的不仅是一位校长，也失去了一批著名教授。如心理学系主任陆志韦去了燕京大学，东大行政委员会副主任任鸿隽去了四川大学、地学系主任竺可桢去了浙江大学。国立东南大学的实力遭到了严重的削弱，直至1932年罗家伦出任校长才逐步恢复元气。

离开国立东南大学后的郭秉文并未放弃对教育的热爱。1926年，在美国庆祝建国150周年时，他在美国费城组织了中国五千年教育文化发展的图片展览。晚年定居美国的郭秉文在1958年创办了中美文化教育协会，虽在暮年，“未尝以优游林泉，而自寻暇逸也”，他仍在为教育事业忙碌。1969年，郭秉文逝世于美国。

著作《The Chinese System of Public Education》